專利權同自貿區(qū)商標權一樣，其兩者的保護對象都是無形資產，都具有專有性、時間性和地域性的特征；兩者的權利人都有權將其權利客體作為交易標的進行轉讓，都有權在受到不法侵害時請求損害賠償。同時，專利發(fā)明的名稱和外觀設計也可以作為自貿區(qū)商標申請注冊。

專利權與商標權的主要區(qū)別為：

（1）保護的目的不同專利權保護的發(fā)明創(chuàng)造，是技術上的解決辦法或者外觀設計上的藝術創(chuàng)作和獨特創(chuàng)意。保護的目的，在于的鼓勵發(fā)明創(chuàng)造，有利于發(fā)明創(chuàng)造的推廣應用，促進科學技術進步和創(chuàng)新。而商標權保護的商標，是具有區(qū)別商品或者服務來源的顯著特征的標志。保護的目的，為了促進生產者保證商品質量和維護商標信譽，以保障消費者的利益，促進社會主義商品經濟的發(fā)展和公平競爭。

（2）保護的對象和范圍不同專利權的對象是獲得專利的發(fā)明，實用新型或外觀設計。其中發(fā)明是指前人沒有的、先進的、經過實踐證明可以應用的一種重大的科學技術新成就；實用新型是指對物品的形狀、結構或組合所作的革新設計，又稱小發(fā)明；外觀設計是指對產品的形狀、圖樣、色彩或其結合作出的富有創(chuàng)新美感而適于工業(yè)上應用的新設計。對專利權的保護范圍分別以發(fā)明，實用新型的權利要求的內容為準和以表示在圖片或照片上的外觀設計專利產品為準。商標權的對象是以文字、圖形或者其組合構成的注冊商標。對商標權的保護范圍以核準注冊的商標和核定使用的商品為限。

（3）國家主管機關和適用的相關法律不同我國《專利法》是管理專利的基本法律。國家知識產權局專利局主管全國專利受理和審查專利申請的管理工作。我國《商標法》是管理商標的基本法律。國家工商行政管理局商標局主管全國商標注冊和管理的工作。

（4）時效性的不同我國的《專利法》規(guī)定，發(fā)明專利的有效期為20年，實用新型和外觀設計專利的有效期為10年，期限屆滿均不得續(xù)展。而我國《商標法》規(guī)定，注冊商標的有效期為10年，期滿可以續(xù)展注冊，而且可以無制重復申請，每次續(xù)展注冊的有效期均為10年，因此商標權的有效期實質上可以是無限期的。顯然，專利權和商標權是分屬兩種不同范疇的知識產權，有明顯的不同點，分別受到《專利法》和《商標法》的保護。但是在特殊情況下，某一權利客體中的一部分會出現在另一權利之中。具體地說就是：當專利發(fā)明的名稱和外觀設計在符合《商標法》規(guī)定條件的情況下，可以作為商標申請注冊；而含有與注冊商標相同或近似的文字、圖形及組合在符合《專利法》的情況下，也可以申請外觀設計專利。由于專利權和商標權受各自相應法律的保護，當兩者的權利人為不同一人時，則會出現專利權與商標權對抗沖突的情況。對于這種情況的出現，可以根據國家工商行政管理局商標局《關于處理商標專用權與外觀設計專利權權利沖突問題的意見》的原則予以處理解決?！吧虡藢Ｓ脵嗪屯庥^設計專利是重要的知識產權，分別受《商標法》和《專利法》的保護。這些權利的取得，應當遵守《民法通則》中的誠實信用原則，不得侵害他人的在先權利?！?/p>